Exemple de sarcine

By 23 diciembre 2018Sin categoría

La modification de l`ARNr avec le diméthylsulfate (DMS) et l`analyse subséquente de l`empreinte ont été effectuées essentiellement comme décrit par Merryman et Noller (1998). Brigotti et coll. Pour déterminer si la liaison de la puromycine aux ribosomes a provoqué des changements dans la structure de l`ARNr ou l`accessibilité à la boucle de la sarcine/ricine qui peut avoir attribué à l`inhibition de la dépurination par le PAP, les ribosomes PSY et mak8-1 ont été incubés avec de la puromycine, suivis en songeant avec l`agent méthylant diméthylsulfate (DMS). Toronto, Ontario, M3J 1P3, Canada; Courriel: Hudak {at} yorku. L`incubation des ribosomes avec la puromycine inhibe la dépurination subséquente par le PAP. La protéine antivirale de phytolaque (PAP) est une N-glycosidase isolée de l`usine de phytolaque (Phytolacca americana) (endo et al. l`ARN total a été extrait du lysat des cellules immédiatement après l`induction (temps zéro) et du lysat incubé à 30 ° c pour les temps indiqué après la lyse. Dans ce rapport, nous corrélons les données biochimiques et génétiques pour conclure que la protéine antivirale de la phytolaque dépurinate la boucle de la sarcine/ricine lorsque le site a du centre peptidyl-transférase ribosomique est inoccupé. L`appui à cette hypothèse provient des observations de la croissance des cellules de mak8-1 en présence d`inhibiteurs de la traduction (Petrov et al. puromycin est un analogue structural de l`extrémité 3 ′ de l`aminoacyl-tRNA et se lie au site A de la peptidyl-transférase (Hansen et al., l`ARN ribosomal a été extrait et soumis à une analyse de l`extension des amorces. La ligne pointillée représente la boucle de sarcine/ricine dépurinée. Nous émettons l`hypothèse que la plus grande affinité des ribosomes de mak8-1 pour l`aminoacyl-tRNA conduit à la diminution de la dépurination observée dans ces cellules par rapport à PSY.

Étant donné les preuves bien documentées pour soutenir l`inhibition de la liaison eEF-2 lors de la dépurination, il s`ensuit logiquement que la dépurination de la boucle de la sarcine/ricine doit se produire avant la liaison eEF-2. Par exemple, des expériences de sondage structurel ont révélé une chaîne de nucléotides définie reliant la boucle P de l`ARNr 23S au site de fixation du facteur d`allongement, soutenant l`hypothèse que l`état d`occupation du site P détermine la conformation de la Centre mobile associé à la GTPase par rapport à la boucle de la sarcine/ricine, soit pour améliorer ou inhiber la liaison EF-G (Sergiev et al. Le gel a été séché contre le papier filtre sous vide, et les bandes ont été visualisées par exposition au film de rayon X (Kodak). SUPERSCRIPT II transcriptase inverse (Invitrogen) a été utilisé pour étendre ces amorces, et les produits ADNc résultant pour la dépurination et les fragments de contrôle ont été séparés sur un 7 M urée/6% gel d`acrylamide. Cependant, la dépurination de la boucle sarcin/ricine inhibe la liaison de l`eEF-2, bloquant efficacement le ribosome avec le peptidyl-tRNA sur le site A. L`analyse de l`extension d`amorce utilisée dans la présente étude est une technique plus sensible pour détecter de petites quantités de dépurination. Le niveau de dépurination de l`ARNr pour tous les aliquotes a été déterminé par analyse de l`extension des amorces. Dans cette étude, le faible niveau de dépurination observée in vivo dans les cellules mak8-1 est corrélée avec le niveau non détecté de liaison PAP à ces ribosomes notés antérieurement.

La formation d`une liaison peptidique est catalysée par l`ARNr (Nissen et coll. Reprint demande à: Katalin A. Le tRNA déacylé quitte le ribosome via le site E, une nouvelle aminoacyl-tRNA est amenée sur le site A, et le cycle est répété (pour les revues, voir ramde 2002; Andersen et coll.